Pendidikan Pascasarjana di IPB secara terstruktur dimulai pada tahun 1975 dengan jurusan-jurusan Ekonomi Pertanian, Ilmu Tanah, Agronomi, Ilmu Ternak, Penyuluhan Pembangunan, Sosiologi Pedesaan dan Statistika Terapan. Program-program tersebut lebih menekankan kepada pelaksanaan program magister sains, dan dikelola secara terpusat oleh Sekolah Pascasarjana (SPs). Pada tahun-tahun berikutnya tumbuh jurusan-jurusan baru sesuai dengan perkembangan sumberdaya yang ada, terutama bertambahnya tenaga pengajar yang berhasil menempuh studi pascasarjana di dalam dan luar negeri.

Pada tahun 1983 jumlah jurusan sudah mencapai 21 dan istilah jurusan diganti menjadi program studi sampai pertengahan tahun 2007. Pada akhir tahun 2007 istilah program studi diganti menjadi Mayor. Saat ini SPs IPB menyelenggarakan program pendidikan pascasarjana dengan 65 Mayor Program Magister dan 43 Mayor Program Doktor.