Peningkatan produktivitas ternak merupakan upaya yang dilakukan untuk mengimbangi jumlah permintaan pasar dan perbaikan kualitas. Upaya peningkatan produktivitas ini dilakukan oleh para peneliti dengan menggunakan berbagai teknologi terkini. Salah satunya analisis transkriptomik yang cakupannya berada di bidang bioinformatika.

Prof Asep Gunawan, Dosen IPB University dari Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan mengatakan bahwa analisis transkriptomik dapat menjaga stok pangan dari sektor peternakan. Analisis ini mencakup kegiatan sekuensi RNA dan aplikasinya.

“Penggunaan analisis ini dipilih untuk melihat fenomena, khususnya di sektor peternakan, untuk meningkatkan produktivitas dan peningkatan mutu genetik,” terangnya dalam Bioinformatics Webinar Series ke-20 dengan tema “Transcriptomics”yang digelar oleh Departemen Ilmu Komputer, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) IPB University, (09/08).

Ia menambahkan, variasi di tingkat genomik di sektor ini terbilang sangat banyak sehingga menjadi kekhawatiran tersendiri. Setiap fenotip yang berbeda ataupun variasi yang berbeda di dalam populasi maupun individu lokal dapat berpengaruh terhadap produktivitasnya.
Menurutnya, sifat-sifat yang terlihat merupakan sifat kompleks dan melibatkan banyak faktor. Misalnya terkait pertumbuhan, kualitas karkas, hingga sifat reproduksi. Sifat-sifat tersebut adalah sifat yang kompleks dan satu sama lain saling berkaitan. Sehingga membutuhkan pendekatan secara genetik. Beberapa pendekatan yang dianalisis adalah pendekatan secara genetik.

“Untuk membedah sifat-sifat yang kompleks itu salah satunya dengan pendekatan transkriptomik sehingga dapat mengkuantifikasi set RNA dalam satu sel dan mengetahui kegunaannya,” tambahnya.

Salah satu metode transkriptomik adalah NGS (Next Generation Sequencing) yakni dengan sekuensi RNA. Teknologi yang biasa dipakai adalah dengan pendekatan hibridisasi maupun pendekatan sekuens. Sampel yang dibandingkan akan dikarakterisasi berdasarkan gen-gen penting atau gen penanda.

Ia menambahkan, sekuensi DNA ini dapat menemukan perbedaan ekspresi gen di antara dua kondisi. Kelebihannya dapat menemukan transkripsi baru, variasi splice dan fusi gen. Cara mendesain eksperimen sekuensing RNA yakni harus mengetahui ekspektasi perbedaan gen, ekspektasi kandidat gen penanda, dan variabilitas sampel. Pemilihan desainnya juga harus dilakukan dengan hati-hati dan seksama.

“Sampel yang dipilih harus memiliki perbedaan kontras untuk sifat-sifat kuantitatif dan ekonomis seperti kualitas susu atau kadar lemak. Sehingga hasil perbedaan ekspresi yang muncul akan sangat kontras dan dapat dipilih penanda gen yang potensial untuk menghasilkan produk ternak sesuai kriteria yang diinginkan,” tandasnya. (MW/Zul)

Narasumber : Prof Asep Gunawan, ipb.ac.id