Dalam pengembangan obat dan identifikasi suatu virus dan penyakit, berbagai metode ilmiah modern sudah semakin maju. Salah satunya dengan metode komputasional, khususnya dengan teknik molecular docking.
Molecular docking merupakan upaya mencari pose terbaik dari pasangan yang terbaik antara dua molekul. Metode ini dapat menduga interaksi antar protein yang kemudian bisa menjadi dasar untuk melakukan pengujian lanjutan.

Dr Setyanto Tri Wahyudi, Dosen IPB University dari Departemen Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) memperkenalkan isu-isu penting seputar molecular docking. Masalah yang sering ditemukan pada studi docking di antaranya adalah masalah akurasi binding site dari target protein, screening yang menggunakan database lignin yang tidak sesuai, kontradiksi hasil docking dengan hasil simulasi dinamika molekul, hingga ketidaksesuaian hasil docking dengan bioassay. Semua permasalahan ini sering ditemukan pada beberapa jurnal ilmiah.

“Harus dipahami bahwa yang dilakukan pada studi docking pada level komputasi, harus berhati-hati agar tidak terlalu over interpretasi atau overclaim pada studi docking ini,” terangnya dalam Bioinformatics Webinar Series ke-15 Molecular Docking: Sudut Pandang Komputasional dan Eksperimental, (28/06). Kegiatan ini digelar atas kerjasama Working Group Bioinformatika, Departemen Ilmu Komputer, Pusat Studi Biofarmaka Tropika, Masyarakat Bioinformatika dan Biodiversitas Indonesia (MABBI) dan INBIO Indonesia.

Peneliti Pusat Studi Biofarmaka Tropika IPB University ini juga mengatakan terkait struktur protein target harus dipilih struktur terbaik yang sudah tersedia dalam database. Solusi lainnya dilakukan prediksi struktur menggunakan modeling. Selanjutnya harus dicek kembali kualitasnya.
Peneliti juga harus memahami tipe protein yang diambil. Ia memberikan tips untuk memilih struktur protein, salah satunya memperhatikan metode eksperimen yang digunakan. Sehingga mendapatkan kualitas struktur protein yang terbaik.
Masalah kedua, tambahnya, binding site atau tempat penempelan. Ketiga, senyawa ligan dan strukturnya. Peneliti harus menentukan apakah harus dilakukan pemrosesan optimasi geometrik lebih lanjut. Terutama bila mengambil dari database umum.

“Isu keempat inhibitor atau agonis dan isu kelima adalah pemilihan docking algoritma-nya. Pemilihan docking algoritma ini akan terkait dengan mesin docking yang digunakan. Tentunya, akan mempengaruhi akurasi dan biaya penelitian. Isu keenam yakni pemilihan tipe docking yang bisa berdasarkan material maupun berdasarkan fleksibilitas dan lingkungan. Pemilihan ini juga mempengaruhi mesin yang digunakan dan tidak bisa sembarangan,” imbuhnya.

Menurutnya, validasi dengan simulasi dinamika molekul sangat disarankan. Peneliti dapat melakukannya dengan mesin yang tersedia saat ini. Dinamika molekul merupakan metode simulasi komputer untuk mempelajari pergerakan fisik atom dan molekul dalam bentuk trajektori. Simulasi ini sangat disarankan jika akan mendesain obat dengan bantuan komputerisasi.

“Metode ini cenderung berat untuk dilakukan dan tidak semua orang bisa mengerjakannya dan harus mempelajari metode ini sendiri. Perangkat kerasnya juga agak sulit ditemukan, sehingga perlu ada kerjasama antar peneliti dan bidang,” tambahnya.

Kegiatan ini juga turut mengundang Didik Huswo Utomo, peneliti dari INBIO Indonesia dan MABBI. Ia memaparkan materi terkait keakuratan molecular docking untuk penemuan obat. (MW/Zul)

Narasumber : Dr Setyanto Tri Wahyudi, Didik Huswo Utomo, ipb.ac.id