Menindaklanjuti deklarasi pendirian Konsorsium Pengembangan Sains Komputasi yang ditandatangani oleh Masyarakat Komputasi Indonesia (MKI) dan beberapa perguruan tinggi, termasuk IPB University, bertepatan dengan peringatan Hari Kemerdekaan Republik Indonesia ke-77, 17/8 dilakukan peluncuran lima aplikasi terbuka dalam bidang sains komputasi.

Peluncuran aplikasi karya perguruan tinggi ini dalam rangka pengembangan sains komputasi sebagai tools penelitian. Tidak hanya itu, kegiatan ini berusaha merangkul berbagai perguruan tinggi saling bekerja sama dengan Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) untuk melancarkan berbagai penelitian yang berguna bagi kalangan peneliti dan masyarakat.

Dr Wisnu Ananta Kusuma, peneliti IPB University dari Pusat Studi Biofarmaka Tropika (Trop BRC) memperkenalkan dua aplikasi yaitu IJAH Analytics dan Integrated Single Nucleotide Polymorphism Pipelien (ISNIP). Kedua aplikasi ini telah digunakan dalam berbagai riset khususnya bidang farmasi.

Dr Wisnu menjelaskan, aplikasi IJAH Analytics merupakan aplikasi prediksi drug target interaction (DT). Aplikasi tersebut menggunakan metode semi-supervised learning BLM-NII (Bipartite Local Model-Network Interaction Profile Inferring) antara senyawa dengan protein. Ia mengaku, aplikasi ini diperluas agar tidak hanya digunakan dalam penelitian seputar DT, namun sampai ke khasiat tanaman dan komposisi jamu.

“Aplikasi ini bertujuan untuk mencari khasiat dari sebuah tanaman atau komposisi tanaman aserta mencari formula potensial untuk penyakit tertentu,” terangnya. Dengan aplikasi ini juga, katanya, dapat menemukan alternatif tanaman lain yang sebelumnya belum ada riwayat sebagai komposisi jamu. Hasil dari analisis menggunakan machine learning BLM-NII kemudian disimpan dan ditampilkan dalam basis data IJAH analytics.

Peneliti IPB University itu melanjutkan, aplikasi pipeline ISNIP berfungsi untuk mendeteksi varian atau single nucleotide polymorphism. Aplikasi tersebut memerlukan data fragmen hasil sekuensing menggunakan Next generation Sequencing (NGS). “SNIP adalah salah satu marka molekuler mutakhir yang mulai banyak diteliti, berupa perubahan atau variasi satu basa nukleotida pada sekuens DNA,” kata Dr Wisnu.

Ia melanjutkan, SNIP dapat digunakan untuk meneliti genom tanaman hingga manusia menggunakan statistic atau machine learning. Hasil data tersebut akan dilakukan anotasi kemudian dirangkai menjadi pipeline. “Langkah-langkah ini dapat menggunakan perangkat lunak terbuka sehingga para peneliti akan lebih mudah menggunakannya karena tersedia secara bebas,” tambahnya.

Dosen IPB University itu melanjutkan, contoh aplikasi IJAH adalah untuk menganalisis tanaman pare. Hasil analisis menemukan bahwa pare dapat menargetkan 62 senyawa, lima protein, dan 13 penyakit.

“Hubungan antara senyawa pada pare dan penyakit dapat dihubungkan langsung ke sumber basis data yang juga tersedia secara bebas. Namun tetap diperlukan validasi lebih lanjut di laboratorium untuk benar-benar membuktikan prediksi ini,” kata Dr Wisnu Ananta.

Sementara, SNIP dapat dimanfaatkan untuk menganalisis suatu penyakit, seperti menganalisis virus COVID-19 varian omicron. Alat tersebut juga dapat digunakan untuk membuat primer atau gen penanda yang kemudian digunakan untuk tes PCR. (MW)

Narasumber : Dr Wisnu Ananta Kusuma, ipb.ac.id